Una sezione dell'Archeologico è costituita dalle Raccolte egizie, le più importanti d'Italia dopo quelle di Torino.
Il primo nucleo della sezione egizia, che aveva sede nel cenacolo di Foligno, ebbe origine dalla collezione Nizzoli, acquistata nel 1824, nonché dai pezzi derivanti dalla spedizione italiana diretta da Ippolito Rosellini, compiuta parallelamente a quella francese di Champollion.
La collezione è stata successivamente incrementata da numerosi acquisti e donazioni, nonché dai reperti delle campagne archeologiche in Egitto del 1885 e del 1891-92 dello Schiaparelli.

Fra le opere più famose del museo, nella sala detta dell'Idolino si trova l'omonima statua bronzea greca.
Nella cosiddetta Galleria dei bronzi sono esposti tre grandi bronzi etruschi: la statua di Minerva, la celebre Chimera ferita da Bellerofonte, del V sec. a. C., l'Arringatore, statua monumentale funeraria del III secolo.
Nella sezione dedicata ai vasi attici a figure nere è il celebre particolare del Vaso François, del VI sec. a. C., attribuito all'artista greco Clizia.