Alcune delle sale al pianterreno ospitano una notevole collezione di opere su tavola dell'Angelico: in particolare si segnalano Il Giudizio Universale, il Tabernacolo dei Linaioli, La Deposizione, gli sportelli dell'Armadio degli argenti.
Inoltre, il museo di San Marco ospita alcune opere di Fra Bartolomeo (1472-1517), compreso un celebre Ritratto di Savonarola.
La Biblioteca, la prima del Rinascimento aperta al pubblico, conservava i codici italiani, latini e greci appartenuti all'umanista Niccolò Niccoli, passati successivamente alla Laurenziana.
Oggi ospita una preziosa collezione di oltre cento corali miniati del Medioevo e del Rinascimento, provenienti da questo e da altri conventi soppressi.